Город Подгородное находится на обеих берегах реки Кильчень в месте впадения её в Днепровское водохранилище (река Самара), выше по течению на расстоянии в 2 км расположено село Перемога, выше по течению реки Самара на расстоянии в 4 км расположен город Новомосковск, ниже по течению реки Самара на расстоянии в 3 км расположен город Днепр
Город Подгородное находится на обеих берегах реки Кильчень в месте впадения её в Днепровское водохранилище (река Самара), выше по течению на расстоянии в 2 км расположено село Перемога, выше по течению реки Самара на расстоянии в 4 км расположен город Новомосковск, ниже по течению реки Самара на расстоянии в 3 км расположен город Днепр.
Река в этом месте извилистая, образует старицы и заболоченные озёра.
Подгородное практически сливается с городом Днепр и является его северным пригородом. Выгодное расположение делает его привлекательным для обеспеченных граждан: некоторые районы города представляют собой элитные коттеджные поселки.
Подгородное почти полностью газифицировано (за исключением нескольких улиц). Имеет центральный водопровод (обслуживающий 10 % населения).